Plecarea lui Newsted nu a rămas fără urme, Hetfield plecând și el, dispărând pentru o perioadă ce părea nelimitată, lăsându-i pe ceilalți membri ai trupei dezorientați cu privire la direcția în care ar fi trebuit să se îndrepte sau dacă ar trebui să facă ceva. Drept urmare, sesiunile pentru St. Anger au fost amânate, în timp ce Hetfield a intrat la dezintoxicare și a încercat să își rezolve dependența crescândă de alcool.
Pentru a ajuta la depășirea tensiunilor interne și la finalizarea albumului, Metallica l-a angajat pe Phil Towle, un consilier și antrenor personal, care a lucrat îndeaproape cu membrii trupei pentru a restabili relațiile și a finaliza munca începută.
Procesul de înregistrare a fost considerat o formă de terapie pentru membrii trupei, ajutându-i să depășească problemele personale și să se reîntoarcă la ceea ce iubesc să facă.
Deși materialul a fost unul dintre cele mai comentate din discografia Metallica, diversele dispute din timpul sesiunilor de înregistrare nu i-au scăpat lui Hetfield, care a explicat că, deși multă pasiune a fost investită în album, au existat mulți factori diferiți care i-au alterat sunetul. „Sunt doi ani de emoții condensate în acesta (în disc)”, a spus el pentru Blabbermouth. „Am trecut prin multe schimbări personale, lupte, revelații, e profund. E atât de profund, liric și muzical”.
În timpul absenței lui Hetfield, însă, lucrurile păreau mai incerte ca niciodată. „A fost plecat luni și luni”, a explicat Lars Ulrich în cadrul emisiunii VH1’s When Metallica Ruled the World. „Și când s-a întors la San Francisco, încă își vedea de treaba lui”. Deși mulți erau confuzi de lipsa de comunicare a lui Hetfield, scuzele sale erau pertinente: „A trebuit să mă ocup de mine însumi”, a explicat el.
Pe măsură ce încerca și să rămână hotărât în decizia de a nu mai bea și având grijă de familia sa, nu era clar dacă avea să se întoarcă la Metallica sau dacă ei mai doreau să fie în trupă. S-a simțit pregătit să se întoarcă, iar sesiunile de înregistrări au fost reluate. „A avea sprijinul (trupei - n.r.) a fost uimitor,” a spus el. „A fost ca și cum m-aș fi născut din nou”.
Albumul la care James Hetfield s-a referit ca fiind „ca o renaștere” este „St. Anger”, lansat de Metallica pe 5 iunie 2003, produs de Bob Rock, care a cântat și la bas în timpul înregistrărilor.
Discul a fost primit cu păreri împărțite. Deși a debutat pe locul 1 în topurile din mai multe țări și a fost certificat cu dublu disc de platină în SUA, a fost criticat pentru producția sa neconvențională și absența solo-urilor de chitară.
Sesiunile de înregistrare și problemele trupei au fost documentate în filmul "Some Kind of Monster", lansat în 2004. Acesta oferă o privire detaliată asupra dificultăților și eforturilor depuse de Metallica pentru a-și regăsi echilibrul.